朝日山は、寛平八年（八九六年）に近江国石山寺の観賢僧正によって開創されたと伝えられています。当初は「朝日山正願寺千光院」と号していました。

現在の「朝日山真照院」は、明治二年（一八九九年）に三つの寺院が合併してできたものです。合併したのは、朝日山山上にあった千光院、近くの禰宜にあった真善坊（寛平八年、八九六年開創）、そして同じく禰宜にあった遍照寺（開創不明）です。

寺院名の「真照院」は、真善坊の「真」、遍照寺の「照」、千光院の「院」をそれぞれ一字ずつとって名づけられました。